将蜂蜜放在冰箱里时间长了之后可能会出现结晶现象，这也是这种做法的唯一问题。结晶是由于蜂蜜中所含葡萄糖具有易结晶的特性，所以结晶蜂蜜并没有降低其营养价值和天然食品的本性，是纯粹的物理现象。
完全成熟的蜂蜜在密封良好的前提下，在常温环境下也是可保存很长时间而不变质的。
不过，整体来说，蜂蜜还是应该保存宜放在低温避光处的。由于蜂蜜是属于弱酸性的液体，能与金属起化学反应，在贮存过程中接触到铅、锌、铁等金属后，会发生化学反应。另外，蜂蜜在贮存过程中还应该防止串味、及湿、发酵、污染等现象。