农村建在耕地上的房子是不合法的，根据《中华人民共和国土地管理法》，国家严格控制耕地转为非耕地，非法占用耕地会受到法律制裁。非法占用农用地罪的量刑标准为五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。宅基地使用权人只能在法定面积内修房子，不能随意占用耕地。法律分析；一、在农村建在耕地上的房子合法吗。在耕地上建房子的行为是不合法的。《中华人民共和国土地管理法》。第三十条国家保护耕地，严格控制耕地转为非耕地。国家实行占用耕地补偿制度。非农业建设经批准占用耕地的，按照“占多少，垦多少”的原则，由占用耕地的单位负责开垦与所占用耕地的数量和质量相当的耕地；没有条件开垦或者开垦的耕地不符合要求的，应当按照省、自治区、直辖市的规定缴纳耕地开垦费，专款用于开垦新的耕地。