农民工工资交税一般由用人单位代扣或个人缴纳，超过5000元的工资需要缴纳个人所得税。用人单位有法定权利代扣个人所得税，但不得克扣或拖欠劳动者工资。法律分析；农民工工资交税一般由用人单位在发放工资之前代扣或个人缴纳。若劳动者的工资超过5000以上，则需缴纳个人所得税。根据法律规定，用人单位代扣代缴的个人所得税的，可以代扣劳动者工资。用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。拓展延伸；农民工工资税款的缴纳方和纳税义务有关吗。