会计科目定义不同；资金使用方式不同。非财政拨款结转是指本单位除财政拨款收支以外的各专项资金收入与相关支出相抵后剩余的须按规定用途使用的结转资金。主要涉及到的是预算的结转，即预算的延续；非财政拨款结余则是指，在用完一年的财政拨款后，政府还有一些拨款剩余，主要涉及到的是资金的结余，即资金在特定时间段内的剩余。在某些情况下，非财政拨款结余也可以作为非财政拨款结转的来源。