专票和普票最大的一点区别，就是采购方拿到增值税专用发票，发票中的税额作为进项税，可以抵扣销项税，而普通发票不行。
专票和普票的开票方纳税身份也有区别。一般纳税人身份申请了税控设备，可以自行开增值税专用发票。而小规模纳税人通常只能开增值税普通发票，开增值税专用发票，要去税务机关代开。个人只有出租不动产，承租方不属于个人，可以向地税局申请代开增值税专用发票。
它们的受票方纳税身份也不同，如果是去税务局代开，通常只给一般纳税人开增值税专用发票，不给小规模纳税人或者其它个人，开具增值税专用发票。如果小规模纳税人拿到增值税专用发票，也不允许抵扣。