医疗机构水污染排放标准：带传染病房的综合医疗机构，应将传染病房污水与非传染病房污水分开。传染病房的污水、粪便经过消毒后方可与其他污水合并处理。
采用含氯消毒剂进行消毒的医疗机构污水，若直接排入地表水体和海域，应进行脱氯处理，使总余氯小于 0.5mg／L。
法律依据：
《医疗机构水污染物排放标准》（标准号：GB 18466-2005 ）
4.1 污水排放要求
4.1.1 传染病和结核病医疗机构污水排放一律执行表 1的规定。
4.1.2 县级及县级以上或 20张床位及以上的综合医疗机构和其他医疗机构污水排放执行表 2的规定。直接或间接排入地表水体和海域的污水执行排放标准，排入终端已建有正常运行城镇二级污水处理厂的下水道的污水，执行预处理标准。
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