法律分析：一、增值税抵扣流程在海关中的应用
在已经签订进口货物合同后的五日内，应该做备案登记，到当地的税务局办理。征期录入纳税报表时，在申报系统中，有海关增值税抵扣的表，应该按表格上的要求一一进行填列。低扣的期限，也要在开票之日起一百八十天才有效。税票上的增值税就是可以抵扣的金额。如果有关税与消费税，还应该单独有张税票。《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第十九条：条例第九条所称增值税扣税凭证，是指增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票和农产品销售发票以及运输费用结算单据。
二、海关发的增值税怎么算
我国税法规定，纳税人进口货物，按照组成计税价格和规定的增值税税率计算应纳税额，不得抵扣任何税额（在计算进口环节的应纳增值税税额时，不得抵扣发生在我国境外的各种税金）。组成计税价格和应纳税额计算公式为：
组成计税价格＝关税完税价格＋关税＋消费税
应纳税额＝组成计税价格x税率
需要注意的是，进口货物增值税的组成计税价格中已包括已纳关税税额，如果进口货物属于消费税应税消费品，其组成计税价格中还要包括进口环节已纳消费税税额。
进口增值税计算公式：进口增值税＝（关税完税价格＋关税）／（1－消费税率）增值税率
进口增值税计算
报关的时候，报关员要在报关单申请表上填上申报。
海关审核后，根据税号对应的税率计算应收的进口关税和代征增值税。
海关收的税包括两部分：进口关税、代征增值税。
《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条
《中华人民共和国增值税暂行条例》第十四条
法律依据：《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第十九条
条例第九条所称增值税扣税凭证，是指增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票和农产品销售发票以及运输费用结算单据。
第二十条
混合销售行为依照本细则第五条规定应当缴纳增值税的，该混合销售行为所涉及的非增值税应税劳务所用购进货物的进项税额，符合条例第八条规定的，准予从销项税额中抵扣。
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