非自然人股东投资风险主要就是可能会存在关联交易，出资不实等的风险，因为非自然人作为股东一般是设立子公司，与作为母公司的企业存在频繁的经济往来和利益链接。
《中华人民共和国公司法》
第十五条公司可以向其他企业投资；但是，除法律另有规定外，不得成为对所投资企业的债务承担连带责任的出资人。
第十六条公司向其他企业投资或者为他人提供担保，依照公司章程的规定，由董事会或者股东会、股东大会决议；公司章程对投资或者担保的总额及单项投资或者担保的数额有限额规定的，不得超过规定的限额。
公司为公司股东或者实际控制人提供担保的，必须经股东会或者股东大会决议。
前款规定的股东或者受前款规定的实际控制人支配的股东，不得参加前款规定事项的表决。该项表决由出席会议的其他股东所持表决权的过半数通过。
一、自然人股东的两大风险：
（一）股权转让完毕，因未缴纳股权转让个人所得税而没有变更工商登记的法律风险。
依据《公司法》第33条的规定，公司应当将股东的姓名或者名称及其出资额向公司登记机关登记；登记事项发生变更的，应当办理变更登记。未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人。
工商变更登记只是股东变更的对抗性要件，而并非生效要件。故得出以下结论：
1、转让双方依据“股权转让协议”履行完毕后，股权受让方即依法取得股东资格，即使因未缴纳股权转让个人所得税而没有变更工商登记。
2、股权转让后未依法变更工商登记的，已经转让股权的原股东不能以股权已经转让来对抗第三人。即对于第三人来讲，转让方还是“股东”，应当对第三人承担股东责任。即使股权已经依据协议转让。
但在股权转让方与受让方之间，转让方已经丧失股东资格，而受让方取得股东资格，不因是否进行工商变更登记而有所影响。
3、股权转让后依法进行变更工商登记的，转让方无论对于受让方还是第三人来讲，都不再具有股东资格。
（二）工商机关对变更登记申请材料只进行形式审查而非实质审查的法律风险。
依据国家工商总局工商企字(2001)第67号《关于登记主管机关对申请人提交的材料真实性是否承担相应责任问题的答复》(以下简称总局《答复》)的规定，即“申请人提交的申请材料和证明文件是否真实的责任应由申请人承担。
登记主管机关的责任是对申请人提交的有关申请材料和证明文件是否齐全，以及申请材料和证明文件及其所记载的事项是否符合有关登记管理法律法规的规定进行审查，因申请材料和证明文件不真实所引起的后果，登记主管机关不承担相应责任。
在司法实践中，往往有不法股东为了达到非法目的，伪造其他股东的签名及其他文件，使申请文件在形式上符合法律的要求，以欺诈手段骗取工商登记。
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