虽然分析程序能够帮助注册会计师提高审计效率，但是如果在使用中运用不当则可能会形成错误的审计结论，所以审计人员在使用分析程序时，应充分考虑以下问题。

1.选择正确的分析方法。不同企业的经营业务有自己的特点，不同的会计账户也有各自的核算特点。审计人员应“对症下药”，选择正确的分析性程序进行量化分析，同时各种分析性程序应该结合使用，综合多方面的分析结果才可能揭示出财务报告中存在的错、漏报、若分析方法不当，分析手段单一，即使分析过程再精确也可能做出错误的判断，从而影响审计结论的正确性。比如当市场出现剧烈变动或国家出台新的政策时，有些会计账户就不能再用趋势分析法进行比较。

2.考虑数据的可比性，合理的确定期望值。所谓的期望值，即审计人员根据各种不同来源的数据有虑到会计报表中可能存在的变化而估计的基准值。在使用分析性程序时，期望值的确定尤为重要，若确定不些有可能是错报风险增加的信号。因此，注册会计师必须对重大差异或波动进行分析。首先应重新评估一下确定期望值所使用的方法和数据是否合理，所考虑的因素是否充分、恰当;有时某些被忽略的信息可能会修正期望值，从而使差异变小。其次可以询问管理局获取其解释和答复;并实施必要的审计程序，确认其解释和答复是否有理有据。如果管理当局没有或不能做出恰当的解释，应扩大审计测试的范围，执行其他审计程序，作进一步的审查，以便搜集确凿的证据揭示非预期差异产生的真正原因。

3.不能仅依赖分析程序的结果得出审计结论。分析程序作为实质性测试，一般能直接获取支持审计意见的审计证据。然而，影响分析结果准确性的因素较为复杂，在某些情况下，需要运用细节测试来获取审计证据。这是因为相对于细节测试而言，实质性分析程序能够达到的精确度可能受到种种限制，所提供的证据在很大程度上是间接证据，这些间接证据能够帮助注册会计师抓住会计报表审计的重要领域。但是，审计人员对有关账户或交易类别乃至整个会计报表发表审计意见时，仅靠分析程序的结果是远远不够的，还要借助于其他的详细性测试程序进行更加细致和深入的调查，以获得说服力更强的直接证据。因此，从审计过程整体来看，注册会计师不能仅仅依赖实质性分析程序，而忽略对细节测试的运用。

4.执行分析程序人员的能力与经验。新的分析程序审计准则对注册会计师提出了更高的要求。首先，注册会计师要熟练运用分析程序，就要尽可能的了解和掌握行业知识。其次，执行新的分析程序审计准则要求执业注册会计师具有更高的专业判断能力。最后，运用新的分析程序审计准则要求注册会计师具有较好的数学知识和统计知识并能掌握建模分析的能力。新的分析程序审计准则提出了采用高级统计技术的新思路。无疑，新的技术方法要求执业注册会计师掌握更多的数理统计知识。所以注册会计师一方面要通过职业后续教育不断地提高自身的理论素质，另一方面还要善于在实践中总结经验和教训丰富自身的执业素养。

综上所述，审计分析程序是现代审计的一项重要技术，是避免审计风险的有力手段。分析程序的运用是注册会计师合理运用职业判断的充分体现，对提高审计执业质量和执业效率有着不和低估的作用。注册会计师必须熟练地掌握它、灵活有效地运用它，以不断地提高审计执业质量。