事业编三个月后才一起发工资的原因如下：
1、入职问题：新录用编制人员在入职之初，会有很多事情，入职手续就要花费大概一个多月，这其中很多人的手续都没有处理完毕，大部分时间用来忙这些事了，而工资当然是要拖一拖的。
2、手续问题：编制人员发工资可不是简单的直接让单位的财政拨款，而是需要向上一级报告。待确定工资总额之后才能发放，这其中一耽误就是半把个月，所以推迟发工资也是情有可原。
3、资金分配问题：一些事业单位在拨款下来之后基本上年初就做好了规划，这样在新编制加进来时，又会需要调整，可能一时间不好走手续流程，就会等到之后一起发放。
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