一般会影响两代，不会影响第三代。由于近亲结婚的夫妇，容易使对生存不利的隐性有害基因在后代中相遇(即纯合)，因而容易出生素质低劣的孩子。直系血亲和三代以内的旁系血亲禁止结婚。近亲结婚对后代的影响只在于后代患某些遗传病(由隐形基因控制的)的几率高于普通人,即控制同一遗传病的隐性基因结合,使其控制的遗传病得以表现的几率高。所以不会影响到第三代，即使第三代有什么问题也与第一代近亲结婚无关。,法律依据：《中华人民共和国民法典》第一千零四十八条 【禁止结婚的情形】直系血亲或者三代以内的旁系血亲禁止结婚。
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