中国疾控中心是卫健委疾控局的下属公共卫生服务专业技术单位。
国家卫健委属于国务院组成部门，正部级单位，主管的是全国的卫生健康工作，用官方的语言就是：贯彻落实党中央关于卫生健康工作的方针政策和决策部署，在履行职责过程中坚持和加强党对卫生健康工作的集中统一领导。
而中国疾控中心，是中国疾病预防控制中心的简称，是国家卫健委下属的事业单位，是国家卫生健康委直属事业单位，主要是作为一家国家级的疾病预防控制机构，指导全国的疾病预防控制，包括各类慢性病和传染病 ，诸如2019年底爆发的新冠肺炎疫情，具体怎么防控、采取怎样的防控策略，怎么做好疫苗接种等等，都是疾控中心的工作范畴。
总而言之，国家卫健委就是中国疾控中心上级，负责领导和组织部署，中国疾控中心是技术单位，负责提出技术意见供上级决策。
法律依据
《传染病防治法》
第十八条 各级疾病预防控制机构在传染病预防控制中履行下列职责：
（一）实施传染病预防控制规划、计划和方案；
（二）收集、分析和报告传染病监测信息，预测传染病的发生、流行趋势；
（三）开展对传染病疫情和突发公共卫生事件的流行病学调查、现场处理及其效果评价；
（四）开展传染病实验室检测、诊断、病原学鉴定；
（五）实施免疫规划，负责预防性生物制品的使用管理；
（六）开展健康教育、咨询，普及传染病防治知识；
（七）指导、培训下级疾病预防控制机构及其工作人员开展传染病监测工作；
（八）开展传染病防治应用性研究和卫生评价，提供技术咨询。
国家、省级疾病预防控制机构负责对传染病发生、流行以及分布进行监测，对重大传染病流行趋势进行预测，提出预防控制对策，参与并指导对暴发的疫情进行调查处理，开展传染病病原学鉴定，建立检测质量控制体系，开展应用性研究和卫生评价。
设区的市和县级疾病预防控制机构负责传染病预防控制规划、方案的落实，组织实施免疫、消毒、控制病媒生物的危害，普及传染病防治知识，负责本地区疫情和突发公共卫生事件监测、报告，开展流行病学调查和常见病原微生物检测。
