背景不同，内容不同，应用价值不同等。
背景不同：《神农本草经》起源较早，约起源于神农氏，于东汉时期集结整理成书，是我国现存最早的中药学著作。而《本草纲目》则是明代著名药理学家李时珍所编纂，成书于16世纪，其创作时间相对较晚。
内容不同：《神农本草经》将药材分为上、中、下三品，上品可常吃无毒，中品者有小毒，下品者是些泻下，或者有大毒，或者是些矿物药。全书文字简练古朴，成为中药理论精髓。而《本草纲目》则是对前人药材的总结，并加入了李时珍自己通过努力寻找到的一些民间本草，全书共收载药物1892种，对每种药物的产地、形态、性味、功能、主治、炮制、配伍等方面都进行了详细的描述。
应用价值不同：《神农本草经》作为中药学的奠基之作，为后来的中药学发展奠定了基础。而《本草纲目》则因其内容的全面性和系统性，被誉为中国古代药物学著作中最为全面、系统的一部，对中药学的发展产生了重要影响。
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