建筑工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格的，双方应当按照施工方实际已完成的工程量结算付款。
若建设工程经竣工检验不合格的，施工方应当予以修复，在经修复验收合格后，双方按照施工方实际已经完成的工程量结算付款，但发包方可以要求施工方承担修复费用；如果验收不合格的，发包人可以不支付工程款。
一、工程验收不通过怎么处理
建设工程经验收不合格的，按照以下情形处理：
（一）修复后的建设工程经验收合格的，发包人可以请求承包人承担修复费用；
（二）修复后的建设工程经验收不合格的，承包人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。
发包人对因建设工程不合格造成的损失有过错的，应当承担相应的责任。
二、对竣工验收不合格的如何处理
1、无论合同有效、无效、被解除的，工程经验收不合格且无法修复或修复后经验收仍不合格的，承包人不得要求支付工程价款，建设工程不得交付使用。
2、工程经验收不合格的，应当进行修复，修复前承包人不得要求支付工程价款(不包括发包人擅自使用工程情形)。
三、工程款的计算
工程款的范围主要包括预付款、进度款、结算款。1、预付款。预付款指开工前发包人应预付给承包人用于为合同工程施工准备的款项。施工准备事项包括购置材料、工程设备、施工设备、修建临时设施以及组织施工队伍进场等。预付款比例一般不低于合同金额的10%，不高于合同金额的30%。2、进度款。进度款指施工期间发包人根据工程完成情况应支付给承包人的一种工程价款。在工程实践中，发包人同意支付进度一般为合同价的70%，进度款有三种支付方式：(1)、按形象进度分阶段支付(2)、是按照已完工程量分期间支付(3)、是按照阶段及期间混合支付。3、结算款。结算款，即竣工结算款，指工程竣工结算后发包人应该支付给承包人的除质保金外的剩余工程价款。竣工结算款等于竣工结算价减去质保金和已付款后的金额。竣工结算款支付的前提条件是工程竣工验收合格。
【本文关联的相关法律依据】
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条，建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。
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