变造金融机构批准文件罪的立案标准为：
1、行为人实施了变造金融机构批准文件的行为，金融机构包括商业银行、证券交易所、期货交易所、证券公司、期货公司、保险公司等；
2、此行为侵犯了国家的金融管理制度。
【本文关联的相关法律依据】
《刑法》第一百七十四条
未经国家有关主管部门批准，擅自设立商业银行、证券交易所、期货交易所、证券公司、期货经纪公司、保险公司或者其他金融机构的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处二万元以上二十万元以下罚金；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金。
伪造、变造、转让商业银行、证券交易所、期货交易所、证券公司、期货经纪公司、保险公司或者其他金融机构的经营许可证或者批准文件的，依照前款的规定处罚。
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