第一：合伙企业是契约式企业，有限公司是股权式企业。我国《合伙企业法》规定，合伙企业是由各合伙人依法订立合伙协议，共同出资，合伙经营，共享收益，共担风险，并承担无限连带责任的企业。合伙协议是合伙人享受权利和承担义务的依据，合伙人的出资方式、数额和期限，合伙人分配利润和分担亏损的办法，合伙企业的事务执行、解散和清算等问题都按照依法订立的合伙协议来操作。《公司法》规定，有限公司股东按照比例出资，以其出资额为限对公司承担责任，并且按照投入公司的资本额享有所有者的资产受益、重大决策和选择管理者等权利。
第二：合伙企业不具有法人资格，有限公司具有法人资格，这是合伙企业和公司的最主要的区别。这一区别有两重意义，第一说明合伙企业只具有相对独立的人格，有限公司具有绝对独立的人格。第二说明合伙企业的财产只具有相对独立性，有限公司的财产具有绝对的独立性。合伙企业是每一个独立的合伙人根据合伙协议组合成立的，具有人合的性质。合伙企业只具有相对独立的人格，它作为独立的主体进行经营活动，可以以自己的名义拥有财产、参与诉讼，享受其他各种权利，但在承担债务责任方面，合伙人与合伙企业则具有连带关系。合伙人对企业的债务承担无限连带责任，每一个合伙人都可以代表其他合伙人享受权利和承担义务，即使他们内部定有承担债务责任比例的协议，也不能对抗对外的无限连带责任
。
第三：合伙企业与有限公司在承担责任方面的区别，与它们在产权结构方面的区别有密切的联系。合伙企业的产权结构是一元结构，而公司的产权结构是二元结构。合伙企业的财产不属于合伙组织独立所有，而是属于合伙人共有，因此合伙人与合伙企业是连带责任关系。
第四：出资人数的要求。合伙企业应由2个以上的合伙人出资设立，其中有限合伙企业应由2人以上50人以下的合伙人出资设立。有限责任公司由50人以下的股东出资设立。
第五：出资方式要求。合伙企业可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权或其他财产使用权利出资，也可以用劳务出资。但是有限合伙企业中的有限合伙人则不能以劳务出资。有限责任公司可以用货币、实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资。此外，首次设立时，有限责任公司全体股东发起人的货币出资金额不得低于注册资金的30%。有限责任公司不得以劳务出资。
第六：企业税收缴纳要求。合伙企业企业所得无需缴纳企业所得税，而是由合伙人就个人从合伙企业获取的利润分配缴纳个人所得税。有限责任公司需要就企业所得缴纳企业所得税，股东还需要就个人从公司获取的利润分配缴纳个人所得税。
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