检疫证明办理流程如下：
1、提前申报，一般提前3天；
2、提供动物免疫记录，动物已佩戴了农业部统一的耳标；
3、临床检查健康；
4、生产地没有发生动物疫情；
5、如果是种用动物，需进行相应的实验室项目检测。
动物检疫合格证明根据国家相关规定，活体动物运输必须符合国家规定，托运人应提供当地县级以上动物检疫部门出具的“动物检疫合格证明”，以保证动物不携带传染性疾病。
动物防疫合格证所需要的手续、材料、相关文件如下：
1、申请人填写的《动物防疫合格证》申请表；
2、法人代表证明或业主身份证复印件；
3、饲养场所在地用地证明复印件；
4、经营加工场所的房产证明或承租协议复印件；
5、从业人员的资格证书复印件。防治人员畜牧兽医专业毕业证或结业证原件和复印件每人1份；身份证原件及复印每人1份；
6、有关动物防疫制度书面材料；
7、国家和省规定的其它证明材料。
【法律依据】
《中华人民共和国动物防疫法》
第三条 本法所称动物，是指家畜家禽和人工饲养、捕获的其他动物。
本法所称动物产品，是指动物的肉、生皮、原毛、绒、脏器、脂、血液、精液、卵、胚胎、骨、蹄、头、角、筋以及可能传播动物疫病的奶、蛋等。
本法所称动物疫病，是指动物传染病，包括寄生虫病。
本法所称动物防疫，是指动物疫病的预防、控制、诊疗、净化、消灭和动物、动物产品的检疫，以及病死动物、病害动物产品的无害化处理。第四条 根据动物疫病对养殖业生产和人体健康的危害程度，本法规定的动物疫病分为下列三类：
（一）一类疫病，是指口蹄疫、非洲猪瘟、高致病性禽流感等对人、动物构成特别严重危害，可能造成重大经济损失和社会影响，需要采取紧急、严厉的强制预防、控制等措施的；
（二）二类疫病，是指狂犬病、布鲁氏菌病、草鱼出血病等对人、动物构成严重危害，可能造成较大经济损失和社会影响，需要采取严格预防、控制等措施的；
（三）三类疫病，是指大肠杆菌病、禽结核病、鳖腮腺炎病等常见多发，对人、动物构成危害，可能造成一定程度的经济损失和社会影响，需要及时预防、控制的。
前款一、二、三类动物疫病具体病种名录由国务院农业农村主管部门制定并公布。国务院农业农村主管部门应当根据动物疫病发生、流行情况和危害程度，及时增加、减少或者调整一、二、三类动物疫病具体病种并予以公布。
人畜共患传染病名录由国务院农业农村主管部门会同国务院卫生健康、野生动物保护等主管部门制定并公布。
