商铺使用权40年到期后应该根据当时的地价水平补缴土地出让金，再次申请土地使用权。商业用地全国统一执行的土地使用年限为40年，届满时可以提前一年提出续期申请。商铺的40年就是指的土地的使用权年限，到期的只是土地租用时间，不是房产，到时候可以继续缴纳土地出让金即可重新取得房屋土地使用权。土地如果到期，所有人具有优先向国家申请延续土地使用权的权利，如果国家没有拆迁计划，则该土地可以由原所有人按照现行（到期日）的土地价格，交纳土地出让金以继续使用土地。商铺40年产权到期要由房屋产权人在到期前到房屋登记部门办理续期手续，缴纳续期费用。住宅建设用地使用权期限届满的，自动续期，续期的费用根据当地的具体规定；非住宅建设用地的使用权期限届满的，有约定的按约定，无约定的按照法律或行政法规处理。商铺40年产权属于非住宅用地，不能自动续期。
教育、科技、文化、卫生、体育等公益事业性用地：全国统一执行的土地使用年限为50年；
商业、旅游、娱乐用地：全国统一执行的土地使用年限为40年；
综合或者其他用地：全国统一执行的土地使用年限为50年。
商铺产权到期后要怎样处理？
商铺产权到期并不是指房屋所有权到期，而是指土地使用权到期。非住宅建设用地使用权期间届满后的续期，依照法律规定办理。商铺属于非住宅建设用地，在其土地使用权到期后，可以由房屋业主联名向当地的土地管理部门提出申请，请求延长土地使用权的期限，补交土地出让金；如果国家出于规划需要收回土地及其建筑物的，那么商业用地的产权人可以得到相应的补偿。
法律依据：《中华人民共和国城市房地产管理法》
第二十二条
土地使用权出让合同约定的使用年限届满，土地使用者需要继续使用土地的；应当至迟于届满前一年申请续期，除根据社会公共利益需要收回该幅土地的，应当予以批准。
经批准准予续期的，应当重新签订土地使用权出让合同，依照规定支付土地使用权出让金。土地使用权出让合同约定的使用年限届满，土地使用者未申请续期或者虽申请续期但依照前款规定未获批准的，土地使用权由国家无偿收回。
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