法律分析：
一、身份区别
选择自主择业，就意味着与体制、部队完全脱离，就是一个完全自由的社会人，相当于提前退休，国家拿钱养到你走的那一天。期间找不找工作，干不干活，由自己决定。
选择转业，从部队到地方，无论是去事业单位还是去行政机关，在获得编制的同时，意味着一切从新开始，天天朝九晚五，说话、做事都要考虑自己的身份，不能像自主择业那样自由、随意。
二、待遇区别
自主择业，离开部队时，国家一次性给几十万安置费，副团以上一般都有四五十万，以后每个月领取部队工资的80%，以副团为例，大概能拿8000左右。这样的水平，比部队转业普遍要高。假如是副团，转业到地方后，拿副处的工资，在小公这样的西部三线城市，到手也就5000不到，比自主择业要低两三千元，差距拉开了30%以上。说实话，从经济上来说，选择转业有点不值当。
三、圈子区别
选择自主择业，不工作也有钱，人就会产生惰性，不愿委屈自己帮别人打工，除非自己创业，这样容易与社会脱节。在中国这样的人情社会，没有人脉是很可怕的事情。反观转业，虽然工资待遇各方面差一点，但毕竟在体制内上班，基本的交际圈还在，灵活点的，还可以积累部队以外的人脉资源，无论对自己还是对家人朋友，都是一种财富。这也是很多部队干部在自主择业和专业两者之间犹豫的最大根源。
法律依据：
《退役士兵安置条例》
第十八条 义务兵和服现役不满12年的士官退出现役的，由人民政府扶持自主就业。
第十九条 对自主就业的退役士兵，由部队发给一次性退役金，一次性退役金由中央财政专项安排；地方人民政府可以根据当地实际情况给予经济补助，经济补助标准及发放办法由省、自治区、直辖市人民政府规定。
一次性退役金和一次性经济补助按照国家规定免征个人所得税。
各级人民政府应当加强对退役士兵自主就业的指导和服务。县级以上地方人民政府应当采取组织职业介绍、就业推荐、专场招聘会等方式，扶持退役士兵自主就业。
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