新农合医保异地就医备案流程如下：
一、首先确认是省内异地就医还是跨省异地就医，如果是前者则不需要备案。
二、如果是跨省异地就医，参保人员有以下两种备案方式：
（一）线下办理
先办理转诊手续，再选择异地转诊医疗机构，凭《转诊转院确定表》和社保卡在参保地的医保经办机构办理异地就医直接结算备案。
1.病人持有效证件（驻地公安机关办理的有效居住证明、社会保障卡及复印件、转诊转院确定表、收治医院出具的病情介绍资料）到当地农合管理部门办理异地就医备案。
2.由当地农合管理部门审核病人的就医备案申请，准备相关资料，并将就医备案申请表及附件递交到省级农合管理部门审核。
3.省级农合管理部门审核完毕后，将就医备案申请表及附件递交到本省农合管理部门审核。
4.本省农合管理部门审核完毕后，将就医备案申请表及附件递交到原籍省级农合管理部门审核。
5.原籍省级农合管理部门审核完毕后，将就医备案申请表及附件递交到原籍当地农合管理部门审核。
6.原籍当地农合管理部门审核完毕后，将就医备案申请表及附件递交到当地农合管理部门审核。
7.当地农合管理部门审核完毕后，将就医备案申请表及附件递交到原籍农合管理部门审核。
8.原籍农合管理部门审核完毕后，将就医备案申请表及附件递交到病人所在地农合管理部门审核。
9.病人所在地农合管理部门审核完毕后，将就医备案申请表及附件递交到原籍农合管理部门审核，审核通过后，病人可以在外地就医报销
二、线上办理备案
拨打12333热线电话进行线上办理，随着技术的发展，具有上网条件的参保人，也可以选择通过国家医保服务平台”APP或微信小程序“国家异地就医备案”和支付宝APP进行异地治疗的备案，各所在地区为了更方便参保人的备案办理，在各省的微信公众号也有相应的异地医保报销的备案，经过备案的参保人就可以直接在异地使用医保卡结算和报销了。
以支付宝为例：
1首先，打开支付宝APP，点击国家政务服务平台。
2然后，点击跨省异地就医备案
3最后，在界面点击开始备案即可
注意事项
1.异地安置人员需要住院的,应该通过电话等方式在所在医疗保险经办机构办理备案手续,然后持本人社保卡(证)及身份证办理就医住院手续,其它就医流程与转诊人员就医流程相同。
2.按照相关政策,统筹基金目前暂由各市经办机构与定点医院直接结算。从2012年开始,原则上每月结算一次,于次月15日前结算完毕。如住院人次较少,可每季度结算一次。
3.异地就医一般只能报销住院费和急诊费，只有少数城市可以报销结算门诊费用；
4.异地就医的报销范围和报销比例：以就医地医保目录为准，如药品、医疗设备、诊疗项目、服务设施等，需要纳入就医地医保目录才可以。报销比例以参保地政策为准，包括起付线、报销比例、报销限额等等。
5.如果是支持异地直接结算的医院，在办理出院手续时，在结算窗口就可以直接完成结算。如果遇到特殊情况，比如系统故障等，那么还是需要带上就诊资料，回参保地完成报销。
法律依据
《中华人民共和国社会保险法》第四条 中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个人权益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。
个人依法享受社会保险待遇，有权监督本单位为其缴费情况。
《中华人民共和国社会保险法》第二条 国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度,保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
《中华人民共和国社会保险法》第二十六条 职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
《中华人民共和国社会保险法》第二十八条 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
《中华人民共和国社会保险法》第二十四条规定 国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。
《中华人民共和国宪法》第四十五条 中华人民共和国公民在年老、疾病或者丧失劳动能力的情况下，有从国家和社会获得物质帮助的权利。国家发展为公民享受这些权利所需要的社会保险、社会救济和医疗卫生事业。国家和社会保障残废军人的生活，抚恤烈士家属，优待军人家属。国家和社会帮助安排盲、聋、哑和其他有残疾的公民的劳动、生活和教育。
《中华人民共和国宪法》第四十六条 中华人民共和国公民有受教育的权利和义务。国家培养青年、少年、儿童在品德、智力、体质等方面全面发展。