土地征用纠纷的处理方式主要有行政诉讼、行政复议、行政复议裁决、民事诉讼、征地补偿协调、裁决等方式，根据个案的不同特点应当启动不同的法律程序。
1、行政复议的最大特点是可以跳出某个区域，如对某省国土资源厅的行为不服则可以向国土资源部申请复议，如果在承办案件过程中担心某地方存在地方保护，则应该选择这样的救济途径。
2、征地纠纷行政诉讼。
3、征地补偿协调裁决
征地补偿裁决也可以称之为征地补偿协调与裁决，是指对补偿标准有争议的，由县级以上地方人民政府协调;协调不成的，由批准征用土地的人民政府裁决，这是国家为减少、解决征地纠纷而推行的制度。机制可以分为两个部分，一是协调，而是裁决，协调是裁决的前置，未经协调的不能进入裁决。
如果在申请协调中遇到两级政府相互推诿的情况下，则应当在协调期满之日向征地批准机关申请裁决，若省内尚无协调裁决办法或协调裁决办法没有规定多长时间协调的，建议在60日后申请裁决。
4、征地纠纷听证制度可以分为两类，一类是主管部门依职权组织的听证，一种是申请人申请才组织的听证。
一、被征地所在地人民政府发布征地补偿、安置方案公告。
市、县级土地行政主管部门将批准的《征地补偿、安置方案》在被征收土地所在地的乡(镇)、村予以公告，听取被征收土地的农村集体经济组织和农民的意见；征询意见期限应事先确定并公告。
对补偿标准有争议的，有县以上人民政府进行协调；协调不成的，由批准征收土地的人民政府进行裁决，也可以向人民政府申请行政复议。
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