一、明确保密对象。
不同的企业和同一企业的不同时期，所持的商业秘密是不一样的，因此，必须首先明确保密对象。当商业秘密具有企业无形资产和员工个人劳动成果双重性质时，例如广告公司策划人员的创意工作、IT公司技术人员完成的编程、数据库等，应当特别注意明确其性质属于个人著作权还是公司商业秘密。
二、确定保密主体。
在保密岗位、技术岗位工作的员工是两大保密主体。此外，其他员工在工作中有意或无意获悉公司的商业秘密时，也应该列为保密主体；掌握了商业秘密的员工家属、朋友，也应该履行保守商业秘密的同等义务。在用人单位授权、司法调查或用于个人学习研究等特殊情况下使用商业秘密的，可不视为违约。
三、约定保密义务期限。
保守公司商业秘密的义务，并不因劳动合同的解除、终止而免除，但由于商业秘密存在过期、被公开或被淘汰的情况，因此应该约定保密义务的期限。
四、规范竞业限制、脱密期保护等特殊行为。
参照原劳动部《关于企业员工流动若干问题的通知》、国家科委《关于加强科技人员流动中技术秘密管理的若干意见》，竞业限制的时间一般不得超过3年。用人单位还必须支付一定数额的经济补偿，一般不得少于该员工离开企业前最后一个年度从该企业获得的报酬总额的三分之二。
约定脱密期的适用对象一般只限于掌握企业重要商业秘密的技术人员和管理人员。用人单位可采取调换岗位、变更劳动合同内容等措施，对有关人员做脱密处理。但在时间上，应当参照《关于企业员工流动若干问题的通知》等规定，一般不得超过劳动合同解除或终止前6个月。
对于同一保密对象与保密主体，竞业限制与脱密期不能同时约定。
五、违约及其法律责任。
商业秘密被侵犯，应视不同情况，分别向不同部门起诉，寻求司法保护：向仲裁机构申请仲裁解决；向工商行政管理部门投诉；向人民法院起诉。由于商业秘密纠纷属民事纠纷，也可由当事人进行协商解决。
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