房产管理部门对存在争议的房产进行产权登记，属于违法行政行为，行政相对人可以通过行政诉讼的方式，请求人民法院予以撤销。房产管理部门在受理产权登记申请后，应当遵循实质审查的原则，对申请人的材料和房产进行形式和实质两个方面的审查，只有房产来源清晰、没有争议、手续合法时，方可予以登记。
一、房产产权登记实质审查与形式审查房产行政主管部门在进行产权登记时，应当进行实质审查还是形式审查曾经有争论。一种观点认为，房产管理部门应当对申请人提供的申请材料是否真实、合法、有效进行全面的审查，通过审查确定房产的真正权利人，并在此基础上决定是否予以登记；另一种观点认为，房产管理部门仅仅需要对申请人提交的申请材料是否齐全，是否符合的要求进行审查并在此基础上决定是否予以登记，整个过程不涉及审查实质权利人的问题。
二、房产产权登记审查内容房产管理部门接受产权登记申请时，根据房产性质不同而要求提供不同的材料，申请人提供的材料成为审查的主要内容：
1、商品房、经适房、房：买方身份证件复印件；购房发票；契税完税单；（拆迁返房）原房屋权属证书或房产来源证明；（拆迁返房）拆迁补偿协议书及结算书；（商品房、经济适用房）；（经济适用房）经济适用房购房申请表；房地产产权登记申请表；房地产登记部门认为应当提交的其他资料。
2、自建房：申请人身份证件复印件；土地证（建设用地批准书）复印件；规划许可证及附件附图复印件；施工许可证复印件；竣工验收备案表；房屋建筑面积测量计算报告；有权部门出具的楼幢号证明；竣工总平面图和分层平面图；房地产产权登记申请表；房地产登记部门认为应当提交的其他资料。
3、集资建房：提交与自建房1－10项相同材料办理初始预登记后：市房改办产权核定意见书；契税完税（减免税）凭证；集资建房协议；集资建房办证通知书；集资建房专用票据；集资建房登记申请表。
4、房改房：身份证明；原房屋所有权证、共有权证；出售公有住房合同书；国有土地使用证或相应证明；公有住房出售计价表；出售公有住房产权交易通知书；收款银行对帐单；公有住房出售登记申请表；出售公有住房专用票据。
三、房产登记审查标准国家施行土地使用权和房屋所有权登记发证制度，登记机关应当对申请人进行审查，只有权属清晰、没有争议，产权来源材料齐全、证件齐全、手续完备的才能予以房屋产权登记。
四、法院对房产登记行为的审查在产权来源材料不全或不足以证明房屋权属情况下，房地产登记机关应不予登记；反之，登记行为违法。行政相对人可以依法提起行政诉讼，法院经过审理后认定登记行为确系违法的，可以依法判决予以撤销。
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