两者的区别主要表现在犯罪的主观故意不同。集资诈骗罪是指行为人以虚构事实、隐瞒真相的方式，意图永久非法占有社会不特定公众的资金，具有非法占有的主观故意；非法吸收公众存款罪的行为人只是临时占用投资者的资金，行为人承诺并意图偿还本息。
1、从筹集资金的目的和用途来看，如果向公众筹集资金的目的是为了生产经营，实际上所有或大部分资金也是为了生产经营，则更有可能非法吸收公众存款；如果向公众筹集资金的目的是为了个人挥霍，或者用于偿还个人债务，或者用于单位或个人拆东墙补西墙，则更有可能设定集资诈骗罪。
2、从单位的经济能力和经营状况来看，如果单位业务正常，经济能力强，在向公众筹集资金时有偿还能力，更有可能设定非法吸收公众存款罪；如果单位本身就是皮包公司，或者资不抵债，没有正常稳定的业务，更有可能设定集资诈骗。
3、从后果来看，如果非法筹集的资金在事发前全部或大部分未归还，给投资者造成重大经济损失，则更有可能设定集资诈骗罪。如果非法筹集的资金在事发前全部或大部分已经归还，则设定集资诈骗罪的余地很小，一般应设定非法吸收公众存款罪。
4、从事件发生后的归还能力来看，如果事件发生后的行为人具有归还能力，并积极筹集资金实际归还全部或大部分资金，则有可能设定非法吸收公众存款罪；如果事件发生后行为人没有归还能力，且全部或大部分资金没有实际归还，则有可能设定集资诈骗罪。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国刑法》第一百七十六条非法吸收公众存款或者变相吸收公众存款，扰乱金融秩序的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。有前两款行为，在提起公诉前积极退赃退赔，减少损害结果发生的，可以从轻或者减轻处罚。第一百九十二条以非法占有为目的，使用诈骗方法非法集资，数额较大的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处七年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚
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