区分本罪与战时违抗命令罪的界限
这两种犯罪中虽然都有违抗命令的构成要件，但其含义有所不同。在战时违抗命令罪中，违抗命令的行为本身就是犯罪客观方面的主要内容，是需要追究刑事责任的基本依据，不需要再有其他具体的危害行为；而在违令作战消极罪中，犯罪客观方面的主要内容是临阵畏缩，作战消极，并造成严重后果，违抗命令仅仅是限制条件，说明行为人违反并抗拒执行上级命令，但其严重程度尚未达到战时违抗命令罪那样。因此，在违令作战消极罪中，仅凭其违抗命令的行为本身是不能追究刑事责任的。当然，如果行为人在作战消极罪中违抗命令的行为本身性质恶劣，危害严重，符合战时违抗命令罪的构成条件的，应按处理想象竞合犯的原则，以战时违抗命令罪定罪处罚。
区分本罪与玩忽军事职守罪的界限
这两种犯罪主观上都是出于过失，客观上都造成了严重的后果，又都可能发生在战时或战场上，而且作战消极的行为广义上也是一种不尽职的行为，因此很容易混淆。其区别在于，前者侧重于指挥人员在指挥部队（分队）执行作战任务时，态度不坚决，措施不得力，以致整个部队（分队）行动迟缓、消极怠战，造成严重后果，指挥人员对此应负的领导责任；而后者侧重于指挥人员由于个人在指挥岗位上玩忽职守，以致造成严重后果，指挥人员对此应负的直接责任。
区分本罪与战时临阵脱逃罪的界限
犯这两种罪可能出于完全相同的犯罪动机，如贪生怕死，畏惧战斗，而且实施犯罪的时间、地点及客观环境很相似。其区别除了犯罪主体不完全相同外，主要在于行为人是否脱离了战斗岗位。临阵脱逃的行为人己脱离战斗岗位，没有继续参加战斗；作战消极的行为人仍在战斗岗位上，只是作战不积极。如阵地追敌攻击时躲在掩体内不敢积极还击，追击敌人时怕敌人反扑不敢大胆逼近敌人等，都不应认定为临阵脱逃。
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