发票联是记录进货及付款方面凭证用的。
抵扣联是用于去税务局认证后抵扣增值税销项税的。
开具发票的单位和个人应当建立发票使用登记制度，设置发票登记簿，并定期向主管税务机关报告发票使用情。
司法实践中发票联和抵扣联的主要区别是：发票联是给购货方的，购货方作为记账的凭证，而抵扣联是给购货方，作为抵税的，发票联做到账里，抵扣联中进项税金，认证了之后，购货方能抵税，抵扣联认证了之后，单独订起来。发票联做为记账用，是购物凭证;抵扣联要给退税科提供，被收回去的，用于税款抵扣的。
一、什么是增值税专用发票抵扣
增值税专用发票是增值税一般纳税人开具的发票，经过认证后，可以做为进项税额，在申报时抵扣购进货物时已缴纳的增值税!比如：当月购进货物金额为10000，专用发票上开具的税额为1700，这个1700就是可以抵扣的部分，如果卖出金额为11000元，那么开具的专用发票上的税额就为1717元，应纳税额就为1717-1700=17元。
二、为什么要认证?
增值税发票认证是指通过增值税发票税控系统对增值税发票所包含的数据进行识别、确认。纳税人通过增值税发票税控系统开具发票时，系统会自动将发票上的开票日期、发票号码、发票代码、购买方纳税人识别号、销售方纳税人识别号、金额、税额等要素，经过加密形成防伪电子密文打印在发票上。认证时，税务机关利用扫描仪采集发票上的密文和明文图像，或由纳税人自行采集发票电子信息传送至税务机关，通过认证系统对密文解密还原，再与发票明文进行比对，比对一致则通过认证。
发票认证是税务机关进行纳税申报管理、出口退税审核、发票稽核比对、异常发票核查以及税务稽查的重要依据，在推行“以票控税”、加强税收征管中发挥着重要作用。
回答涉及到的法律依据：
根据《中华人民共和国发票管理办法实施细则》
第三条
发票的基本联次包括存根联、发票联、记账联。存根联由收款方或开票方留存备查;发票联由付款方或受票方作为付款原始凭证;记账联由收款方或开票方作为记账原始凭证。省以上税务机关可根据发票管理情况以及纳税人经营业务需要，增减除发票联以外的其他联次，并确定其用途。
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