1、施工合同的效力问题；
2、合同无效是否应进行结算；
3、备案合同和“补充协议”即黑白合同不一致，在结算时应采纳哪一份合同作为结算的依据问题；
4、对于建设部推荐施工合同版本通用条款中涉及的发包方逾期不结算是否视为认可送审价的问题；
5、工程款结算采取何种标准的问题；
6、诉讼中，造价司法鉴定(司法审价)的范围；
7、关于工程质量、工期、农民工利益等问题。
在最高人民法院的《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》(以下简称“司法解释”)出台前，这些争议问题，往往不同地区不同法院作出了不一样的认定。随着司法解释及相关批复的出台，在实践中统一了大家的认识，有不同意见的，也只能叫学理解释或“一家之说”，作为目前实务还应当遵循司法解释的规定才行。
一、怎么解决建筑工程中黑白合同问题
黑白合同并非是一个具体的合同，而是人们在处理合同时两种不同做法的称谓。在建设工程施工合同纠纷当中，建设单位与实际的承包单位会签订一个备案合同。
往往在备案合同以外建设单位与施工单位再另行签订一个合同，也就是实际履行的合同，备案的合同称为白合同，与备案合同不一致，另行签订的施工合同就是所谓的黑合同。
对此，最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷适用法律问题的解释》第21条作出了详细的规定：
当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同性质内容不一样的应当以经过备案的中标合同作为结算工程款的依据。
因此，双方发生纠纷一般以备案的合同作为结算工程价款的依据，这也就是对于黑白合同的处理原则。
二、关于施工合同造价纠纷的规定
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》
第二十条当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。
第二十一条当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。
第二十二条当事人约定按照固定价结算工程价款，一方当事人请求对建设工程造价进行鉴定的，不予支持。
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