治疗期间并不影响工伤认定的申请。可以按以下流程申请工伤认定：

1、申报

(1)单位申请

职工发生伤亡事故后，用人单位应当立即向当地劳动保障保障行政部门和工伤保险经办机构报告，并填报《事故伤害报告表》。同时，应在伤亡事故发生或职业病确认诊之日起30日内填表写并提交《工伤认定申请表》和首诊病历本、旁证材料、身份证等有关材料。

未参加工伤保险的用人单位应提交用人单位的营业执照复印件或工商行政管理部门出具的查询证明。

(2)职工或直系亲属申请

用人单位未在规定期限申请认定的，职工或直系亲属可在伤亡事故或职业病确诊之日起一年内直接向劳动保障行政部门提出工伤认定申请。

2、受理

如职工或其直系亲属的申请超过一年的期限，或不符合管辖权规定，劳动保障行政部门将不予受理，出具《不予受理决定书》。如申请材料不全的，劳动保障行政部门当场或在7个工作日内以书面形式一次性告知申请人。

3、调查

对职工或直系亲属提出工伤认定申请的，劳动保障行政部门对用人单位发出《工伤认定协查通知书》，要求单位提供相关材料，单位应在规定期限内如实提供情况和有关证据，在规定的时间内未能提出相反证据的，视为对职工或其直系亲属提供的证据材料无异议。

一、事业单位明明交了工伤保险为什么就不报呢

工伤保险是通过社会统筹的办法，集中用人单位缴纳的工伤保险费，建立工伤保险基金，对劳动者在生产经营活动中遭受意外伤害或职业病，并由此造成死亡、暂时或永久丧失劳动能力时，给予劳动者及其实用性法定的医疗救治以及必要的经济补偿的一种社会保障制度。申请条件：伤(亡)者是在青岛市事业单位在职在编的工作人员;申请人是用人单位、受伤害的职工或其直系亲属、工会组织;用人单位应在事故发生后30日内、职工(直系亲属)或工会组织应在事故发生后一年内向工伤保险部门提出书面工伤认定申请(职业病的需先到职业病防治院进行确诊)。受理部门：青岛市机关事业单位保险办工伤处及四区办(以下统称机关保险办)。3、申请人应向机关保险办提供的材料：填报《青岛市事业单位工伤认定申请表》;受伤害职工的身份证原件、复印件;劳动合同文本原件及复印件或者与用人单位存在劳动关系(包括事实劳动关系)的有效证明材料的原件及复印件;用人单位事故调查报告书(个人申报的不必提供);两名以上的证人证言及证人身份证原件、复印件;;医疗机构出具的受伤后诊断证明书、初诊病历、住院病历，属职业病的提供合法有效的职业病诊断证明书或鉴定书原件及复印件;其他根据情况需要提交的材料。办理流程：机关保险办根据申请人提交的材料，录入微机开出《接收证据材料清单》。如材料不齐的，当场或15个工作日内开出《工伤认定申请补正材料告知书》。每周五将一周内各参保单位报送的工伤材料经初审后集中送交劳动保险工伤认定处并签字确认。工伤认定处对符合受理条件的予以受理，在10个工作日内开出《工伤认定申请受理通知书》;对不符合受理条件的，在10个工作日内开出《工伤认定申请不予受理决定书》。工伤认定处在正式受理工伤认定申请之日起60日内做出工伤认定，并于3日内送达机关保险办工伤处，签字确认。机关保险办负责在10个工作日内通知到申请人。如参保单位因特殊情况或其他不可抗力等因素不能在规定时限内提出申请的，经机关保险工伤处同意，申请时限可以适当延长，但延长时间不得超过30日。