新农合的报销时间有规定，应当从出院当天算起三个月之内有效。新农合报销时间一般没有制度或法律性质的规定，一般按惯例在本县住院报销半个月之内，县外病历或县内数额较大需要经县新农合部门审批的，一般在一个月之内，外伤报销需要经调查核实的一般在3个月之内。
新农合不给报销的情况有：
(一)非区内定点医院门诊医疗费用(特殊病种门诊治疗费用除外)、未按规定就医、自购药品所产生的费用；
(二)计划生育措施所需的费用，违反计划生育政策的医疗费用；
(三)镶牙、口腔正畸、验光配镜、助听器、人工器官、美容治疗、整容和矫形手术、康复性医疗(如气功、按摩、推拿、理疗、磁疗等)以及各类陪客费、就诊交通费、出诊费、住院期间的其他杂费等费用；
(四)存在第三方责任的情况下，发生人身伤害产生的医药费依法由第三责任方承担，如交通事故、医疗事故、工伤等；
(五)因自杀、自残、服毒、吸毒、打架斗殴等违法行为以及其家属的故意行为造成伤害所产生的医药费；
(六)出国或在港、澳、台地区期间发生的医疗费用；
(七)城镇职工医疗保险制度规定不予报销的药品和项目；
(八)区医管会确定的其他不予报销的费用。
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