（一）本罪与共犯的界限。海关人员与走私犯罪分子事先通谋，故意使走私行为得逞，其实质上是海关人员和走私犯罪分子共同实施的犯罪行为，只不过分工不同，故应当以走私罪的共犯论处。“事先有无通谋”是区分本罪与走私罪共犯的界限。如果海关工作人员与走私分子事前已相互通谋并互相勾结实施走私行为的，则构成走私罪的共犯。
（二）放纵走私过程中的行为的性质界定对于海关工作人员在放纵走私过程中，收受或者索取走私人财物，但并无走私之共同故意和行为，有关司法解释规定其行为构成放纵走私罪和，应该实行。但另有人认为，这属于牵连问题，应该按照重罪吸收轻罪的原则，按刑罚较重的罪来定罪处罚。理由是收受或索取走私人财物这一行为的目的是为了放纵走私，也就是说收受或索取贿赂是放纵走私的一个客观要件，所以，对放纵走私的这一客观行为只能作出一次评价，而不能作出重复评价。
（三）本罪与的界限。海关工作人员严重不负责任，对应当发现的走私行为没有发现，造成严重后果的，应以玩忽职守罪处罚。两罪主要区别在于：本罪的主体只能是海关工作人员，而后罪的主体不仅包括海关工作人员，而且包括其他国家机关工作人员；本罪的主观方面是直接故意，而后罪的主观方面只能是过失。
（四）本罪与的界限。海关工作人员徇私舞弊，明知走私行为构成犯罪，应当移交司法机关追究刑事责任而不移交，而是枉法处理，以罚代刑，情节严重，构成犯罪的，实质上也是一种“徇私舞弊放纵走私”的犯罪行为。但其与本罪的“放纵走私”又有一定的不同。本罪的“放纵”行为是对走私行为不作任何处理，而后罪的“放纵”行为，则可能是行政执法人对走私行为的降格处理，以行政处罚代替追究刑事责任等，从社会危害性上讲，比本罪的“放纵”行为要轻一些。因而在实践中，应当按照第402条规定的“徇私舞弊不移交刑事案件罪”来定罪处罚。
（五）本罪与放行偷越国（边）境人员罪的界限。本罪与后罪的主体都可以是海关工作人员，主观上都是故意，且有明确的徇私动机，在客观方面都表现为把非法出入境行为作为合法行为予以放纵。但本罪的客体是海关监管活动，而后罪的客体则主要是国（边）境管理秩序；本罪放纵的是走私行为，而后罪放纵的则是非法进出国（边）境的行为。
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