迟到公司按分钟数扣钱合法，除此之外，用人单位应依法在规章制度中明确上班迟到扣除工资的要求及标准，并已进行公开公示告知员工，且所扣工资必须少于劳动者当月工资的20%。
一、旷工三天要扣多少工资
旷工三天扣三天工资。
无故旷工对公司造成损失的，公司有权要求赔偿；旷工天数符合公司规定解除劳动合同要求的，公司有权解除劳动合同。用人单位在确认员工未按规定履行请假手续而擅自离岗，且无正当理由的，用人单位基于劳动者这一事实行为作出解除劳动合同的决定的，则需进行以下流程：
1、应通过各种渠道联系员工上班；
2、结清员工工资，并办理好社保手续；
3、保留好员工所有的档案及相关资料。
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的百分之二十。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
哪些情形可以扣工资
1、用人单位代扣代缴的个人所得税；
2、用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的社会保险费用及公积金；
3、法院裁判中要求代扣的抚养费、赡养费、扶养费；
4、依法签订的劳动合同中有明确规定的；
5、用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的；
6、企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的；
7、因劳动者请事假等相应减发工资；
8、法律法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
二、企业罚员工款是否合法
原则上用人单位不得对员工工资进行扣罚，除非员工给用人单位造成了实际经济损失，或者按照规章制度的规定，用人单位可以对员工进行经济处罚，但不超过当月工资的20%。若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的工资报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，应按国家有关规定办理。
三、迟到三次开除员工合法吗
如果用人单位在公司章程中规定，劳动者迟到三次是属于严重违反公司制度的，迟到三次解除劳动合同是合法的。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
【本文关联的相关法律依据】
《工资支付暂行规定》第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
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