(一)网络版权侵权行为的构成要件问题
目前关于侵权行为构成要件问题的主要观点是，侵权行为构成要件为有无加害行为、损害结果、前两项有无因果关系以及加害人主观上的过错，即所谓的四要件说，只有同时满足四个要件的行为才能称之为侵权行为;此外还有学者认为在认定侵权行为时还应考虑违法阻却事由，即如果存在违法阻却事由那么该行为就不是侵权行为。笔者认为这样的构成要件划分与阻却事由的考虑是将侵权行为的认定与侵权责任的认定等同视之。侵权行为的认定和侵权责任的认定有一个共同的目标指向，即最终完成权利义务的划分、恢复公正，但二者是不同的，侵权行为的认定即认定行为主体行为的违法性问题，对于损害结果、有无因果关系、加害人主观上的过错以及违法阻却事由的考量都属于对侵权责任的认定。侵权行为的认定是侵权责任认定的前提，侵权责任认定是侵权行为认定的下一个步骤，二者是两个不同的阶段。
(二)行为违法性的问题
行为违法性的问题有两个方面：一是行为确实存在，即认定行为事实的问题;二是行为本身的违法性问题，即认定行为侵害了法律明确保护的对象。一旦明确了网络版权的保护对象，所有针对这个对象的不当事实行为就可以确定为侵权行为，但目前这两方面都存在难题。
认定行为事实主要是确定行为主体与行为模式，这部分所面临的的难题来至于网络信息的特殊性，网络信息的特殊性加大了对行为事实的认定难度，此部分在文章下一部分有详细论述。此外，在我国目前的立法中没有明确网络版权的保护范围以及取得网络版权的方式，这造成了对权利人创作成果保护的缺失，增加了认定网络版权侵权行为的难度。
(三)网络信息的特殊性加大了认定的难度
认定侵权行为要依靠证据，认定网络侵权行为主要依靠网络信息，但网络信息的数字存储性、易修改性等对传统的证据认证规则与标准都提出了新的挑战，这加大了法官认定的难度。
1.网络信息对传闻规则带来了很大冲击
随着日益加快的数字化进程，愈来愈多的网络信息成为证据进入诉讼中。这些网络信息的制作者或者知情人并不会出庭出证，而有不少的系统自动生成的网络信息也成为了证据，比如消费记录、公司财务报表、系统生成的日志，这些都应当列入了传闻证据的范畴，他们的可采性需要更多地检验。
2.认定侵权行为时网络信息可采性的标准不明确
认定侵权行为时，证据的可采性至关重要，所以必须明确网络信息可采性的标准，目前我国还没有明确的网络信息合法性标准和真实性标准，而网络信息的特殊性还使它在认证过程中需要大量的专业技术或专门人员，因此在很多案件中，在没有明确的标准和认证难度大的情况下法官通常不愿意采用网络信息，这使认定网络版权侵权行为变得更加困难。
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