人民法院依法对仲裁协议做出无效的裁定后，另一方当事人拒不应诉的，人民法院可以缺席判决。原受理仲裁申请的仲裁机构在人民法院确认仲裁协议无效后仍不撤销其仲裁案件的，不影响人民法院对案件的审理。“该司法解释的用意是要解决仲裁机构与法院之间可能出现的决定管辖权的管辖权冲突，以及两者就同一管辖权争议的决定的实质性冲突，弥补仲裁法规定之不足。但是，试想在国际商事仲裁中，如果仲裁地在外国，且为临时仲裁，但案件被申请人是中国国内公司，该被申请人在国内法院要求确认有关仲裁协议无效，人民法院将如何通知仲裁机构中止仲裁?裁定书副本如何送达哪一个仲裁机构?由此可见，该司法解释针对的主要是国内仲裁和机构仲裁。在纷繁复杂的经济贸易交往中，我们不能也不应只考虑到国内的机构仲裁而无视临时仲裁和其他国家特别是西方仲裁业发达国家的国际仲裁。在机构仲裁中，出现管辖权纠纷，是由仲裁机构还是由仲裁庭来决定呢?尽管仲裁机构与仲裁员的出发点和利益是一致的，都是要公平合理地解决争议，包括程序问题的争议。在机构仲裁中，当事人约定提交仲裁机构解决的争议都最终是由仲裁员来处理，两者之间是同一的关系。但是，另一方面，两者作为不同的法律主体，又有各自独立之处，比如，仲裁庭独立公正审理案件时，尤其是审理实体问题时，仲裁机构无权干预，因而两者之间也有不完全同步的地方。所以，究竟应由仲裁机构或仲裁庭来对仲裁管辖权争议做出决断，也是存在争论的。大多数国家都承认仲裁庭有权调查对自身提出的管辖权异议，其原因是这是仲裁庭固有的权力，是仲裁庭能正常工作所必不可少的基本权力。如《欧洲国际商事仲裁公约》第5.3条规定，仲裁庭能够决定仲裁协议是否存在，有权对自己的管辖权做出决定。1985年联合国《国际商事仲裁示范法》第16条第1款规定：“仲裁庭可以对其自身的管辖权包括对仲裁协议的存在或效力的任何异议，做出决定。”相比之下，中国规定由仲裁机构来决定对管辖权的异议，是比较特殊的。

《仲裁法》第20条规定，当事人对仲裁协议的效力有异议的，可以请求仲裁委员会做出决定;CIETAC2000年规则第4条也规定，仲裁委员会有权对仲裁协议的存在、效力以及仲裁案件的管辖权做出决定。中国的这种独特做法遭到国内外法学界和仲裁界的广泛批评。但这样的规定也有其合理的一面：首先，由仲裁委员会来做出管辖权决定，能够保持一个机构内所有的关于管辖权问题的决定的一致性，避免不同的仲裁庭对相同或类似的情形做出不同甚至矛盾的判断和结论;第二，在仲裁庭组庭之前，当事人很可能就会提出管辖权异议的问题。这时候，当然只能由仲裁委员会就这一问题根据表面证据做出决定，以使仲裁程序能够继续进行下去;第三，组庭之后，实际操作中，都是由仲裁庭对实体问题做出审理，仲裁委员会都是在仲裁庭实体审理的基础上，按照仲裁庭的意见，以仲裁委的名义做出管辖权决定罢了。既不会出现仲裁委“难以或无法”做出决定，也不会出现仲裁委的决定和仲裁庭“自相矛盾”的情况。