律师分析：
1、县级以上地方人民政府的城市规划部门，是处理违章建筑的行政主管部门，拥有对违章建筑进行行政认定的权力;2、区分不同情况，对违章建筑的处理方式包括:停止建设、限期拆除、予以没收和补办手续、并处罚款;3、在具体适用时，应当根据不同情况，分别采取不同的方式:如果该建设工程处在正在建设过程之中，则应当根据《城市规划法》第40条的规定，由城市规划部门责令其停止建设。如果该建设工程已经完工，且严重影响城市规划，则应当根据《城市规划法》第40条的规定，由城市规划部门作出:限期拆除，或者予以没收的处理。如果该建设工程已经完工，虽然“影响城市规划，尚可采取改正措施的，由县级以上地方人民政府城市规划行政主管部门”作出:补办手续，并处罚款的处理;4、在上述法定的处理方式中，我们可以作以下理解:限期拆除，留给了违章建筑业主一定的处理能够转移物料的时间;补办手续，则是对违章建筑的事后确认，使之合法化;5、在违章建筑索赔纠纷中，对违章建筑的业主来说，既有不应当受到法律保护的权益，主要表现为由于擅自建设的违法行为而给行为人带来的利益;又有应当受到法律保护的权益，依法享有的申请补办手续、在限期内进行拆除的合法权益。对这两种性质不同的权益，应当区别对待，分别作出适当处理。
【法律依据】：
《国有土地上房屋征收与补偿条例》 第八条 为了保障国家安全、促进国民经济和社会发展等公共利益的需要，有下列情形之一，确需要征收房屋的，由市、县级人民政府作出房屋征收决定：
（一）国防和外交的需要；
（二）由政府组织实施的能源、交通、水利等基础设施建设的需要；
（三）由政府组织实施的科技、教育、文化、卫生、体育、环境和资源保护、防灾减灾、文物保护、社会福利、市政公用等公共事业的需要；
（四）由政府组织实施的保障性安居工程建设的需要；
（五）由政府依照城乡规划法有关规定组织实施的对危房集中、基础设施落后等地段进行旧城区改建的需要；
（六）法律、行政法规规定的其他公共利益的需要。
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