根据《中华人民共和国劳动法》，公司合并后，被合并公司的员工有权因薪酬、职位、福利等因素而自由选择留下。如果员工选择离开，公司需要对员工进行相应的补偿。补偿员工通常有以下几种方式：
一、现金支付。现金支付的形式是要求企业以现金支付给员工作为解除长期劳动合同的经济补偿。对于现金流充裕的企业来说，这种方式是可以接受的，是一次性解决的，没有给改制后的企业留下任何后遗症。但这种方式会大大侵占企业的资金流，降低企业抵御风险的能力，使企业容易陷入危机。
二、股权支付形式。股权支付的形式是通过经济补偿直接将企业的净资产落实到每个员工身上。企业重组后，形成企业在重组后占有的股权。虽然这种方法在相关文件和政策上是允许的，但在操作上有两个明显的障碍。首先，由于《公司法》对公司股东人数的限制，员工持股人数受到限制。同时，由于员工持股协会等持股载体的建立已经难以获得相关部门的批准，么员工作为什么样的身份呢？持股是首先要解决的问题；其次，员工集体持股在大多数地方已经不可行，地方政府更希望原企业经营层绝对控股改制后的企业不支持全体员工共同持股。所以从以上两点来看，以股权形式支付员工的经济补偿并不是一个好办法。
三、债权支付形式。如果重组企业的支付能力相对较差，为了缓解重组成本给企业生产经营带来的压力，可以将员工的经济补偿转化为重组企业的负债，减少相应的企业净资产。企业重组后，员工持有重组后企业的债权，并根据相应的规定和条件进行清偿。改制企业以债权形式支付员工经济补偿金，必须经上级部门和政府批准，避免改制后违反会计法和税法的风险。
【本文关联的相关法律依据】
《劳动合同法》
第46条：下列情形之一的，用人单位应当向劳动者赔偿：
(一)劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的;
(二)用人单位依照本法第三十六条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的;
(三)用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的;
(四)用人单位依照本法第四十一条第一款规定解除劳动合同的;
(五)除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的;
(六)依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的;
(七)法律、行政法规规定的其他情形。
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