法律分析:
1、行政主体地位不同。国务院组成部门没有独立的行政主体地位（除非有法律，法规的授权。）国务院直属机构有着独立的行政主体资格。
2、依法履行职能不同，国务院组成部门依法分别履行国务院基本的行政管理职能，国务院直属机构主管国务院的某项专门业务，具有独立的行政管理职能。
3、机构层次不同，国务院组成部门是国务院的一部分，而直属机构是国务院的下属单位。国务院可以根据工作需要和精简和原则，设立若干直属机构主管各项专门业务，设立若干办事机构协助总理办理专门事项。每个机构设负责人2至5人。
法律依据:
《中华人民共和国国务院组织法》
第八条 国务院各部、各委员会的设立、撤销或者合并，经总理提出，由全国人民代表大会决定；在全国人民代表大会闭会期间，由全国人民代表大会常务委员会决定。
第九条 各部设部长1人，副部长2至4人。各委员会设主任1人，副主任2至4人，委员5至10人。各部、各委员会实行部长、主任负责制。各部部长、各委员会主任领导本部门的工作，召集和主持部务会议或者委员会会议、委务会议，签署上报国务院的重要请示、报告和下达的命令、指示。副部长、副主任协助部长、主任工作。
第十条 各部、各委员会工作中的方针、政策、计划和重大行政措施，应向国务院请示报告，由国务院决定。根据法律和国务院的决定，主管部、委员会可以在本部门的权限内发布命令、指示和规章。
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