在公安机关出入境管理部门办理。内地公民因私事前往香港、澳门，凭公安机关签发的前往港澳通行证或者往来港澳通行证，从指定的口岸通行;返回内地也可以从其他对外开放的口岸通行。内地居民可单独申请往来港澳通行证。办理所需证件以及材料：
1、《中国公民出入境证件申请表》(须按要求填写完整)。
2、本人近期照片(尺寸48X33mm,正面,免冠,白底,彩照,白发或无发者为淡蓝色底)。
3、本人居民身份证或居民临时身份证(原件及复印件,未满16周岁无须提供)。
4、已持有效《往来台湾通行证》的，提交《往来台湾通行证》。
以深圳为例，其办理流程为：
一、网上预约：登陆深圳市公安局出入境便民网或关注深圳出入境公众微信号预约。
(1)预约时就可以选择是到办证大厅领取签证，或是邮政快递领取。
(2)首次办理，邮递范围只限广东省内，邮政快递所需时间不纳入办理时间，邮递费用不包括在办证费用以内。
(3)凡16周岁以下申请人提出申请，须事先经父母或监护人同意，如果选择邮政速递方式领证的，邮件收件人必须为其父母或监护人。
二、材料准备：准备好必须材料，根据身份看看是否需要准备或需材料。
驻深现役军人或国家记备案工作人员填写好《关于同意________申办出入境证件的函》，还需要所属人事部门盖章的审批意见。
三、大厅办理：凭电子回执，申请人携带相关证件，在预约时间内到指定办证大厅办理港澳通行证。
1、提前15分钟到大厅咨询窗口确认号码，领取预约号，等待叫号办理。(如未打印申请表格，可在大厅“申请易”或咨询台打印)
2、录入指纹：采取指纹两个，为左右手大拇指或食指在广东省公安机关出入境管理部门成功留存过指纹信息的，无需再次采集指纹，但需进行指纹核验。核验不通过，经核实身份，须重新采集指纹。
3、排队等候：采取指纹完成后办证大厅会给申请人一个排队编号;排队等待，轮到自己所持编号之后，到指定的柜台递交材料进行审核。
4、办证大厅审核：审核无误，得到办理港澳通行证缴费单(在办证大厅拍摄数码电子照片的申请人还有一份电子照片缴费单)
5、缴费和领取回执：拿着缴费单办理缴费，缴费完成后办证大厅会给申请人一张回执(领取港澳通行卡就靠这张回执)。
法律依据：
《中华人民共和国普通护照和出入境通行证签发管理办法》第四条
公民申请普通护照，应当由本人向其户籍所在地县级以上地方人民政府公安机关出入境管理机构提出，并提交下列真实有效的材料：
（一）近期免冠照片一张以及填写完整的《中国公民因私出国（境）申请表》（以下简称申请表）。
（二）居民身份证和户口簿及复印件；在居民身份证领取、换领、补领期间，可以提交临时居民身份证和户口簿及复印件。
（三）未满16周岁的公民，应当由其监护人陪同，并提交其监护人出具的同意出境的意见、监护人的居民身份证或者户口簿、护照及复印件。
（四）国家工作人员应当按照有关规定，提交本人所属工作单位或者上级主管单位按照人事管理权限审批后出具的同意出境的证明。
（五）省级地方人民政府公安机关出入境管理机构报经公安部出入境管理机构批准，要求提交的其他材料。
现役军人申请普通护照，按照管理权限履行报批手续后，由本人向所属部队驻地县级以上地方人民政府公安机关出入境管理机构提出。