扣缴义务人在代扣代缴个人所得税进行会计处理时存在一些问题。有的单位为职工代扣代缴个人所得税不是从职工工资中扣除，而是由单位“买单”，缴税变成了单位为职工发放的“福利”，如将代扣代缴的税金列入成本或奖金支出。还有的单位用个人所得税手续费支付。
单位代扣个人所得税时，常见的错误会计处理有：扣税时，
借记“管理费用”、“生产成本”等成本费用类科目，贷记“其他应收款——个人所得税”科目。
缴纳税款时，借记“其他应收款——个人所得税”科目，贷记“银行存款”科目。而对于税务检查发现的个人所得税，有不少企业作长期挂账处理，等到坏账的条件形成，作坏账核销处理。
正确的会计处理为：扣税时，借记“应付职工薪酬”、“应付股息”、“利润分配”等科目，贷记“应交税费——应交个人所得税”科目。解缴税款时，借记“应交税费——应交个人所得税”科目，贷记“银行存款”科目。
《个人所得税法》第八条规定，个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。《个人所得税法实施条例》第三十五条第一款规定，扣缴义务人在向个人支付应税款项时，应当依照税法规定代扣税款，按时缴库，并专项记载备查。《税收征管法》第三十一条第一款规定，纳税人、扣缴义务人按照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的期限，缴纳或者解缴税款。国家税务总局《关于贯彻〈税收征管法〉及其实施细则若干具体问题的通知》(国税发〔2003〕47号)规定，扣缴义务人违反《税收征管法》及其实施细则规定应扣未扣、应收未收税款的，税务机关除按《税收征管法》及其实施细则的有关规定对其给予处罚外，应当责成扣缴义务人限期将应扣未扣、应收未收的税款补扣或补收。《税收征管法》第六十九条规定，扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款50%以上3倍以下的罚款。
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