医保局是管医疗保险的，卫生局是管各个医院和卫生院的。医院有卫生行政部门监督管理，地方的医院分别由地方各级卫生局管理。卫生行政部门是指各级政府中负责医疗卫生行政工作的部门，比如我们常提到的卫生部和各省、自治区卫生厅、各市县卫生局。
卫生行政部门负责医疗卫生方面的政策、环境工作，具体的执法、业务工作由下属事业单位等实施，下属事业单位包括负责行政执法的卫生监督局（所）县级医保局当然是管县级的医院，只要是在这个县的行政辖区内，所有的医院包括民营的，私营的都归医保局管理，因为他们就是县政府的主管医疗的单位，可是正儿八经的公务部门。
目前来说,医疗保障局的主要职责包括了:
1、拟订医疗保险、生育保险、医疗救助等医疗保障制度的法律法规草案、政策、规划和标准,制定部门]规章并组织实施;
2、组织制定并实施医疗保障基金监督管理办法,建立健全医疗保障基金安全防控机制,推进医疗保障基金支付方式改革。
3、 组织制定药品、医用耗材价格和医疗服务项目、医疗服务设施收费等政策等等。
法律依据：法律依据：《中华人民共和国社会保险法》
第二条 国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度,保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
第二十六条 职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
第二十八条 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付
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