海关征收的税种有进出口关税、进口环节的增值税、消费税、船舶吨税。
准许进出口的货物、进出境物品，由海关依法征收关税。进口货物的增值税由海关代征。进口的应税消费品的消费税由海关代征。吨税由海关负责征收。海关征收吨税应当制发缴款凭证。应税船舶负责人缴纳吨税或者提供担保后，海关按照其申领的执照期限填发吨税执照。
从我国目前的情况看，税收管理机构主要分税务机关、海关和财政部门三大系统。海关系统负责征收和管理关税、行李和邮递物品进口税，并负责代征进出口环节的增值税和消费税；在大部分地区，契税、耕地占用税，由地方财政部门征收和管理；其他税分别由国税和地税征收和管理。
法律依据：《中华人民共和国进出口关税条例》第二十九条
进口货物的纳税义务人应当自运输工具申报进境之日起14日内，出口货物的纳税义务人除海关特准的外，应当在货物运抵海关监管区后、装货的24小时以前，向货物的进出境地海关申报。进出口货物转关运输的，按照海关总署的规定执行。
进口货物到达前，纳税义务人经海关核准可以先行申报。具体办法由海关总署另行规定。
