专项附加扣除办理申报可以由单位办理申报或者个人自行申报。由单位按月发工资预扣税款时办理。除大病医疗以外，对其他五项扣除，可以选择在单位发放工资薪金时，按月享受专项附加扣除政策。
一、什么情况下的个人所得税可以申请退税
个人所得税可以申请退税的情况：中间劳务报酬、稿酬、特许权使用费适用的预扣预缴率高于综合所得适用税率的；缴税款时，未享受或未足额享受税收优惠的；上年度符合享受条件的专项附加扣除，但预缴税款时没有扣除的；上年度综合所得全年收入额不足6万，但平时预缴个人所得税的；其他。
二、房贷已抵扣个税怎么办
房贷抵扣个税的办理可以通过日常由单位发工资时按月预扣；或者次年3月1日至6月30日自行汇算清缴申报办理。扣缴义务人每月或者每次预扣、代扣的税款，应当在次月十五日内缴入国库，并向税务机关报送《个人所得税扣缴申报表》。
三、个税专项附加扣除怎么操作
专项附加扣除办理申报流程包括两种途径，分别是由单位办理申报和个人自行申报。具体来讲（1）由单位按月发工资预扣税款时办理。除大病医疗以外，对其他五项扣除，您可以选择在单位发放工资薪金时，按月享受专项附加扣除政策。首次享受时，需要填写《个人所得税专项附加扣除信息表》并报送给任职受雇单位，单位在每个月发放工资时，像“三险一金”一样，为您办理专项附加扣除。
（2）自行在年度综合所得汇算清缴申报时办理。一般来讲，有以下情形之一的，您可以选择在次年3月1日至6月30日内，自行向汇缴地主管税务机关办理汇算清缴申报时进行专项附加扣除，税款多退少补；个人所得税专项附加扣除信息随纳税申报表一并报送：①不愿意通过单位办理扣除，未将相关专项附加扣除信息报送给任职受雇单位的；②没有工资、薪金所得，但有劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得的；③有大病医疗支出项目的；④纳税年度内未享受或未足额享受专项附加扣除等情形。
如果同时有两个以上发工资的单位，那么对同一个专项附加扣除项目，在一个纳税年度内，您只能选择从其中的一个单位办理扣除。
【本文关联的相关法律依据】
《国务院关于印发个人所得税专项附加扣除暂行办法的通知》第二条
本办法所称个人所得税专项附加扣除，是指个人所得税法规定的子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等6项专项附加扣除。
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