区别如下：
1、二者的定义存在区别。
(1)撤销案件是指侦查机关对立案侦查的案件，发现具有某种法定情形，或者经过侦查否定了原来的立案根据，所采取的诉讼行为。
(2)终止侦查是指人民法院在审判案件过程中，遇有法律规定的情形致使审判不应当或者不需要继续进行时终结案件的诉讼活动。
2、二者的执行结果存在区别。
(1)终止侦查：终止侦查，说明经公安机关侦查，没有证据证明该人有犯罪事实，已排除涉案嫌疑，但有证据证明该案件有犯罪事实的存在。终止侦查，只是侦查结束，不代表没有责任或者有罪。
(2)撤销案件：案件撤销就是不查且无罪或者无责任。
3、二者的执行流程存在区别。
(1)撤销案件，公安机关应当报经上级领导审查批准，然后写出撤销案件报告。
(2)检察机关在办理直接受理侦查的刑事案件，对依法不应追究刑事责任的被告人，可以决定撤销案件。
(3)根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理刑事赔偿案件适用法律若干问题的解释》第五条终止侦查、撤销案件、不起诉、判决宣告无罪终止追究刑事责任的。
终止侦查是指人民法院在审判案件过程中，遇有法律规定的情形致使审判不应当或者不需要继续进行时终结案件的诉讼活动。 撤销案件是指侦查机关对立案侦查的案件，发现具有某种法定情形，或者经过侦查否定了原来的立案根据，所采取的诉讼行为。
法律依据：
《最高人民法院、最高人民检察院关于办理刑事赔偿案件适用法律若干问题的解释》
第二条 解除、撤销拘留或者逮捕措施后虽尚未撤销案件、作出不起诉决定或者判决宣告无罪，但是符合下列情形之一的，属于国家赔偿法第十七条第一项、第二项规定的终止追究刑事责任：
（一）办案机关决定对犯罪嫌疑人终止侦查的；
（二）解除、撤销取保候审、监视居住、拘留、逮捕措施后，办案机关超过一年未移送起诉、作出不起诉决定或者撤销案件的；
（三）取保候审、监视居住法定期限届满后，办案机关超过一年未移送起诉、作出不起诉决定或者撤销案件的；
（四）人民检察院撤回起诉超过三十日未作出不起诉决定的；
（五）人民法院决定按撤诉处理后超过三十日，人民检察院未作出不起诉决定的；
（六）人民法院准许刑事自诉案件自诉人撤诉的，或者人民法院决定对刑事自诉案件按撤诉处理的。
赔偿义务机关有证据证明尚未终止追究刑事责任，且经人民法院赔偿委员会审查属实的，应当决定驳回赔偿请求人的赔偿申请。
