职工医疗保险报销的比例更高，因为职工医疗保险本身交钱的时候交的就更多，资金池里面的钱更多，自然可以给大家报销更多的钱。而农村合作医疗是一年固定交两三百块钱，本身交的就比较少，报的比例就比较低。
城镇职工医保、新型农村合作医疗两者共同构成我国基本医疗保障制度的一部分，还有一个是城镇居民医保，覆盖全体城乡居民。城镇职工医保覆盖国家机关、企事业单位所有职工，经费来源主要由个人和单位缴纳；城镇居民医保覆盖城镇居民，经费来源由个人缴纳和财政补助；新型农村合作医疗覆盖农村居民，经费来源由个人缴纳和财政补助。按国家有关规定，应选择其中一种参加并享受相应的报销待遇。
具体的标准：
1、职工医保和农村合作医疗相比，职工医保虽然缴费的钱多，但是将来享受的保障利益高。职工医保去掉门槛费可以大约报销80%，职工医保不限制医院，可以在本市任一医院就诊。
2、上了医保后，如果是在职职工，到医院的门诊、急诊看病后，1800元以上的医疗费用才可以报销，报销的比例是50%。如果是70周岁以下的退休人员，1300元以上的费用可以报销，报销的比例是70%。如果是70周岁以上的退休人员，1300元以上的费用可以报销报销的比例是80%。
3、而无论哪一类人，门诊、急诊大额医疗费支付的费用的最高限额是2万元。举例来说，如果您是在职职工，在门诊看病的花费是2500元，那么500元的部分可以报销50%，就是250元。
法律依据：
《合作医疗条例》第一条·为了发展和完善新型农村合作医疗制度，保障农村居民享有基本医疗服务，根据有关法律、行政法规的规定，结合本省实际，制定本条例。
第二条·本省行政区域内的新型农村合作医疗，适用本条例。本条例所称新型农村合作医疗，是指由政府组织引导，农村居民自愿参加，按照个人缴费、集体扶持、政府补助的方式筹集资金，实行门诊统筹与住院统筹相结合的农村居民基本医疗保障制度。
