1、核定征收，按照转让二手房交易价格全额的1%征收率征收，这种模式类似于目前的个人所得税征收方式。如成交价为50万元，土地增值税应为500000×1%=5000元。
2、减除法定扣除项目金额后，按四级超率累进税率征收。其中又分两种情况，一是能够提供购房发票，二是不能够提供发票，但能够提供房地产评估机构的评估报告。
一、增值税专用发票抵扣税率是多少
增值税专用发票是抵扣多少税点，是按发票面上注明的税额（税率）。现行增值税一般货物和劳务的税率17％和低税率13％两档税率的基础上，新增设11％和6％两档低税率。
新增四大行业营改增的增值税：
1、建筑业：一般纳税人征收11％的增值税；老项目和小规模纳税人可选择简易计税方法征收3％的增值税。
2、房地产业：房地产开发企业征收11％的增值税；个人将购买不足2年住房对外销售的，按照5％的征收率全额缴纳增值税；个人将购买2年以上（含2年）的住房对外销售的，免征增值税。
3、生活服务业：6％。免税项目：托儿所、幼儿园提供的保育和教育服务，养老机构提供的养老服务等。
4、金融业：6％。免税项目：金融机构农户小额贷款、国家助学贷款、国债地方政府债、人民银行对金融机构的贷款等的利息收入等。
征收率：小规模纳税人征收率为3％，个人销售不动产和出租业务征收率为5％，部分差额征收率为5％。
二、二手商铺买卖税费怎么缴纳
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二手商铺买卖税费需要按照3%的税率进行缴纳，具体需要缴纳的税额如下：
(一)买家支付的税费
1、房地产交易手续费：3元/平方米。
2、房屋登记费：550元/本(每增加一本证书按每本10元收取工本费)。
3、权证印花税：5元/本。
4、印花税：房屋产价的0.05%.
5、契税：交易价(或评估价)×3%.
(二)卖家支付的税费
卖家出售的时候，商铺不论年限，都要交纳以下几种税费：
1、房地产交易手续费3元/平方米。
2、印花税：房屋产价的0.05%.
3、土地增值税：
a、可提供上手购房发票的，土地增值税=【转让收入-上手发票价(每年加计5%)-有关税金】×适用税率。
b、不能提供上手购房发票的，土地增值税=(转让收入-转让收入×90%)×30%.
4、个人所得税：
据实征收为(转让收入-房产原值-合理费用)×20%，核定征收为转让收入×7.5%×20%.
转让收入-房产原值-合理费用相当于个人净收入。
5、营业税及附加税：
a、可提供上手购房发票的，为(转让收入-上手发票价)×5.5%.
b、不能提供上手发票的，为转让收入×5.5%.
c、税费为差额的5.56%
6、土地出让金：
商业用途用房，按其网格点基准地价的35%计收；
商业路线价区段路的商业临街宗地，加收路线价的10%；
办公用途用房按其网格点基准地价的30%计收。
7、土地出让金契税：
按本次征收土地出让金价款的3%征收。
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