可以调节仲裁或者诉讼。施工方与建设方在备案合同之外，另行签订的施工合同(协议)等，在结算时，若该另行签订的合同(协议)与经过备案的中标合同的实质内容不一致的，应当以备案合同作为结算的依据。
涉及建设工程施工合同当事人签订的所谓“黑白合同”问题，即备案中标合同(即白合同)与另行签订的“补充协议”或“施工合同”等形式的合同(即黑合同)对结算的约定不一致而产生争议如何处理。司法解释出台前，各地法院针对黑白合同在结算时如何认定存在争议，而目前实践中需执行该司法解释的规定。
一、建筑工程合同容易出现争议的表现
工程施工中容易出现合同纠纷，这些纠纷争议焦点主要突出表现在七个方面：
1、施工合同的效力问题；
2、合同无效是否应进行结算；
3、备案合同和“补充协议”即黑白合同不一致，在结算时应采纳哪一份合同作为结算的依据问题；
4、对于建设部推荐施工合同版本通用条款中涉及的发包方逾期不结算是否视为认可送审价的问题；
5、工程款结算采取何种标准的问题；
6、诉讼中，造价司法鉴定（司法审价）的范围；
7、关于工程质量、工期、农民工利益等问题。
二、建筑施工项目中哪些施工合同要备案？
目前建筑施工合同已经不需要再备案登记，经过招投标流程的施工合同签订后即生效。具备相应法律效力，也在一定程度上减少了类似阴阳合同之类违法事件的发生几率，并且使施工在法律依据上更加公开化和合法化，使相关程序得到进一步完善和优化，建筑施工项目合同签订的主要目的是为了明确责任，分工协作，共同完成国家建设项目的设计任务，且签订施工合同须以履行有关法定审批程序为前提。
工程施工合同有哪些需要备案并没有在法律上强制规定，备案不是效力性强制规定，不备案的合同仍可以是有效的合同。备案与否在工程款结算方面有很大影响。对于经过招投标程序的建设工程施工合同，其在自投标人中标时就已成立。法律并未规定需经登记备案才生效。这条规定是国家政府管理部门为了严格管理和监督建设工程合同而采取的行政管理方法。设立这种备案制度，并不是中标合同必须经过行政部门审查批准才生效，而是确定以经过备案的中标合同作为承包人与发包人双方之间结算工程款的依据。
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