1、申请医疗事故赔偿的诉讼时效是三年。诉讼时效从自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。
2、法律依据：《中华人民共和国民法典》
第一百八十八条【普通诉讼时效、最长权利保护期间】向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
一、认定医疗事故需要什么证据
医疗事故案件中，除了被告人供述，被害人陈述，证人证言及专家鉴定结论之外，还需要注意收集以下几方面的书证或物证：
1、门诊及住院病历。门诊病历是患者来医院就诊时最原始的证据材料，上面记载了病人的主诉、医生的查体、诊断及最后的处理意见等。住院病历包括病程记录、死亡病历讨论记录、会诊意见、上级医师查房记录、抢救结束后补记的病历资料等。门诊及住院病历是病情发展和医疗活动的真实记录，是认定医疗过失的重要依据。
2、化验单及各类检查结果。化验单及各辅助科室的检查结果，如心电图、脑电图、B超结果、X片等，这些资料是医生诊断时的重要参考，对于认定医疗事故也具有很大价值。
3、处方、药品及药品包装袋。有的医疗事故是由于医疗人员用错药、发错药导致的，而患者当时所服用药品的处方笺的底方及其复印件、剩余药液及药品包装袋等。在此类案件中极具证明力，故患者及其家属应注意保存。
4、手术中的切除组织。手术中切除组织是证明有关手术失误的最重要的证据之一，如有条件，应尽可能保存。
5、输血、输液反应的剩余液。因输血、输液反应而引起的医疗事故在实践中占有相当比例，这些案件中最重要的证据就是剩余液，故患方在输血或输液发生后，应注意保存静脉点滴剩余液和剩余的血液。
6、死者尸体。对于导致患者死亡的医疗事故案件而言，死者尸体是最有力的证据。因此，对那些因不明的案件，应尽量动员患者家属及时进行尸检，以查清医方对患者的死亡是否负有责任。
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