先将当月工资数的应纳税所得额与免征额相比较，如果大于免征额，年终奖金数除以12，找出适用税率，然后用年终奖金数＊适用税率－速算扣除数即可。如果小于免征额，先将年终奖金数－小于免征额的差额后，除以12，找出适用税率，然后（年终奖金数－小于免征额的差额）＊适用税率－速算扣除数即可。
一、年终奖个人所得税计算方法：
1、发放年终奖的当月工资高于3500元时，年终奖扣税方式为：年终奖＊税率－速算扣除数，税率是按年终奖／12作为应纳税所得额对应的税率。
2、当月工资低于3500元时，年终奖个人所得税＝（年终奖－（3500－月工资））＊税率－速算扣除数，税率是按年终奖－（3500－月工资）除以12作为应纳税所得额对应的税率。
这里我们以两个示例进行计算演示：
（1）假设员工甲应发年终奖为13813元，他2月份的工资、薪金所得为5000元。由于已超出了3500元，那么该员工年终奖所交个人所得税计算方法为：
应纳税部分＝13813元
应纳税部分÷12＝13813÷12＝1151，适用税率3％，速算扣除数为0
年终奖个人所得税＝应纳税所得额×税率－速算扣除数＝13813×0．03－0＝414．39元
（2）假设员工乙应发年终奖也为13813元，他2月份的工资、薪金所得为3000元。由于未到3500元，那么该员工年终奖所交个人所得税计算方法为：
应纳税所得额＝年终奖－（3500－当月工资）＝13813－（3500－3000）＝13213元
应纳税部分÷12＝13213÷12＝1101，适用税率3％，速算扣除数为0
年终奖个人所得税＝应纳税所得额×税率－速算扣除数＝13213×0．03－0＝396．39元
二、年终奖个人所得税怎么扣除
我国的个人所得税制，是以代扣代缴为主、自行申报为辅的。
1、以下这些情况需要自行申报
《国家税务总局关于印发〈个人所得税自行纳税申报办法（试行）〉的通知》（国税发［2006］162号）规定，凡依据个人所得税法负有纳税义务的纳税人，有下列情形之一的，应当按照本办法的规定办理纳税申报：
（一）年所得12万元以上的；
（二）从中国境内两处或者两处以上取得工资、薪金所得的；
（三）从中国境外取得所得的；
（四）取得应税所得，没有扣缴义务人的；
（五）国务院规定的其他情形。
用一句话总结就是：11个税目中有10个税目是需要支付方代扣代缴的，另有5种特别的情况是要取得所得的纳税人自行申报的。这二者当然有重合，如12万元申报。但整体的格局很清楚：以代扣代缴为主、自行申报为辅！
2、代扣代缴和自行申报没有可选择性
这一点在实务中有非常多的人犯错。大家的第一个观念就是：只要最终交税就行了！谁交有什么关系呢？这个道理看上去合理，但是对于处在不同位置上的人来说，它的影响是完全不同的。
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