一、企业所得税
根据《企业所得税法》第十五条、《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》（国家税务总局公告2012年第57号）第二条的规定，分公司应当汇总计算并缴纳企业所得税，实行统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库，分支机构应该就地分摊缴纳企业所得税。同时，按照《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理办法》（财预［2012］40号）的规定，总机构在每月或每季终了之日起十日内，按照上年度各省市分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素，将统一计算的企业当期应纳税额的50％在各分支机构之间进行分摊（总机构所在省市同时设有分支机构的，同样按三个因素分摊），各分支机构根据分摊税款就地办理缴库，所缴纳税款收入由中央与分支机构所在地按60：40分享。分摊时三个因素权重依次为0．35、0．35和0．3。
对于境内总公司设立的办事处而言，由于按照规定不能进行经营活动，因而不存在纳税的问题。但是在实际中，部分运营不规范的公司利用办事处从事经营活动的做法也有发生。尤其，部分有税收优惠的总公司，选择不在各地成立分公司，而是选择采用总公司－办事处的方式运营，由总公司统一开具发票，从而实现整体税负的降低。必须指出的是，这种情况是与现有相关法律规定相悖的，有一定的法律风险。
二、流转税
分公司虽然没有法人主体资格，但在我国税法上，通常是流转税的纳税主体，应该按照增值税、营业税的相关规定，缴纳经营产生的流转税。当然，这里需要区分与临时外出经营的区别，根据《税收征管法实施细则》第二十一条规定，从事生产、经营的纳税人到外县（市）临时从事生产、经营活动的，应当持税务登记证副本和所在地税务机关填开的外出经营活动税收管理证明，向营业地税务机关报验登记，接受税务管理。
对于办事处而言，按照法律规定因不具有经营资格，也不存在纳税义务；当然，如前文分析，也有部分不规范的企业利用办事处进行经营，而从总公司进行开票，需要注意潜在的法律风险。
三、外国企业常驻代表机构
企业所得税方面。根据《外国企业常驻代表机构税收管理暂行办法》（国税发［2010］18号）（以下简称国税发［2010］18号）第六条的规定代表机构应在季度终了之日起15日内向主管税务机关据实申报缴纳企业所得税，同时，外国企业常驻代表机构属于非居民企业，相关企业所得税的汇算清缴管理应依据国家税务总局《关于印发〈非居民企业所得税汇算清缴管理办法〉的通知》（国税发［2009］6号）的规定执行。同时，对于对账簿不健全、不能准确核算收入或成本费用，以及无法按照国税发［2010］18号文件第六条规定据实申报的代表机构，税务机关有权核定其应纳税所得额。
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