总分支机构不在同一地区有可以合并申报纳税。但是合并的前提是总分支机构在同一征收区域内。如果总分支机构不在同一县(市)的,应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税;分公司符合独立核算的条件,单独申报缴纳企业所得税。