法院已判决但主债务人破产严重，可以执行担保人。
担保在破产程序开始后，并且保证期没有满，就已经开始承担法律责任。担保人提供连带责任保证，与债务人是连带责任关系的，申请执行人可以只申请执行担保人。担保人提供一般保证，担保人具有先诉抗辩权，在就债务人财产依法强制执行仍不能履行债务前，申请执行人不得只申请执行担保人。
有下列情形之一的，保证人不得行使前款规定的权利：
1、债务人住所变更，致使债权人要求其履行债务发生重大困难的；
2、人民法院受理债务人破产案件，中止执行程序的；当事人对保证方式没有约定或者约定不明确的，按照连带责任保证承担保证责任。
3、保证人以书面形式放弃前款规定的权利的。当事人在保证合同中约定保证人与债务人对债务承担连带责任的，为连带责任保证。连带责任保证的债务人在主合同规定的债务履行期届满没有履行债务的，债权人可以要求债务人履行债务，也可以要求保证人在其保证范围内承担保证责任。
担保人的权利有以下两点：
1、担保人在执行程序中可以提出排除执行异议；另一方面，也可以对债权人提起诉讼，请求返还不当得利。
2、同时对于已经替债务人偿还的债务、或者未偿还的债务，可以分别以对债务人的求偿权、以及将来求偿权，来进行债权申报。
综上所述，法院已判决但主债务人破产严重，可以执行担保人。担保人提供连带责任保证，与债务人是连带责任关系的，申请执行人可以只申请执行担保人。
【法律依据】：
《中华人民共和国破产法》第一百二十四条规定
破产人的保证人和其他连带债务人，在破产程序终结后，对债权人依照破产清算程序未受清偿的债权，依法继续承担清偿责任。
